Sería en junio de 1996 cuando el sistema salió a la venta en Japón, tras cinco retrasos oficiales. Hasta septiembre no llegó a Estados Unidos, y en marzo de 1997 en España (Saturn yPlaystation salieron en julio y septiembre de 1995 respectivamente, por lo que muchos afirmaron que Nintendo había llegado tarde). Para colmo, la versión final del hardware acabó siendo menos potente de lo prometido inicialmente por Nintendo.

La compañía de Mario acalló las quejas de los usuarios con grandes 'regalos': la segunda generación del chip SFX y la saga Donkey Kong Country para SNES, y el lanzamiento de una nueva plataforma, el Virtual Boy.

Durante el desarrollo de Nintendo 64 la compañía se enfrentó a grandes y graves comentarios acerca de ésta: la elección del cartucho como sistema de juego frente al CD (se dijo que los juegos llegarían hasta 400 Mbit en una compresión de 8:1 con respecto a un Mbit normal, aunque esa cifra fue superada ampliamente) y un periférico conocido como Bulky Drive o Dish Drive (DD), un soporte de discos magnéticos de alta densidad que, tras más rumores de salida que la propia Nintendo 64, al final vio la luz en otoño del 99 en Japón.

Otro de los puntos negros en el conocimiento de la nueva plataforma de Nintendo ha sido su capacidad de manejo de polígonos. En un principio se dijo que era capaz de manejar hasta 600.000 triángulos con texturas y 100.000 con todos los efectos, aunque posteriormente se ha dicho que podría llegar hasta los 160.000 rectángulos con todos los efectos (320.000 triángulos).